Naantalin pappila sijoitettiin uskonpuhdistuksen jälkeen luostarin entisen karjakartanon rakennuksiin kirkon pohjois- ja koillispuolelle Nunnalahden pohjukkaan. Hautausmaan huoltorakennuksen länsipuolella on vanha holvattu kellari ja siitä länteen on löytynyt kaivauksissa pappilan puisten rakennusten jäännöksiä 1600- ja 1700-luvuilta. Rakennusten kohta on rauhoitettu haudankaivamiselta. Myös hautausmaan pohjoispuolella olevan mäenharjanteen etelärinteessä erottuu maan pinnalle joitakin mahdollisia rakennusten ja kellarien jäännöksiä. Pappila siirrettiin nykyiselle paikalleen 1800-luvulla.
Kirjallisten lähteiden perusteella pappilassa oli 1600-luvun puolenvälin paikkeilla asuintupa, piispantupa, leivintupa ja kellari, jonka päällä oli ikkunoilla varustettu tupa. Saman vuosisadan loppupuolella pappila oli laajentunut huomattavasti. Siihen kuului asuintupa, keittiö, piispantupa, kaksi leivintupaa, kappalaisen tupa, ruoka-aitta, holvattu kellari, mallaspirtti, kaksi riihtä, navetta, härkätalli, suuri talli, lammasnavetta ja useampia latoja. Koko piha oli aidattu. Ulkopihalla sijaitsivat tulenarat rakennukset kuten sauna. |